通路调节的分数(PRS)工具

PRS工具是一个基于MATLAB的图形用户界面,可帮助研究人员利用所提出的PRS方法和途径KEGG数据库分析他们的数据集。

PRS-tool

接口提供了多种功能的用户:

  • 使用两种不同的分数,PRS和z得分一个微阵列基因表达数据集的分析。最终用户需要指定物种的类型(包目前支持三种只:人,小鼠和大鼠)和通路(信令或代谢)的类型然后上传的原始数据文件。分析的输出是通道的两个列表使用不同的分数(PRS,z得分)排名。
  • 归一化,并使用非参数排列法PRS值的评估。
  • 一个预分析数据集的检索(这些都存储在.MAT格式)。
  • 其他选项包括:浏览和可视化与给定数据集的丰富途径图。

如果你使用的工具,请引用下面的文章: Ibrahim, M., S. Jassim, M. Cawthorne & K. Langlands, “A topology-based score for pathway enrichment”, 计算生物学杂志 19.5(2012年5月),563-573

在文章的摘要是可用 计算生物学杂志 网站.

用于生成结果的软件副本可以在这里下载: 基于拓扑结构的途径分析工具

所需的产品: MATLAB

MATLAB发布:MATLAB 7.9.0(R2009b中)