本周出版:教授保罗·菲恩

二○一四年十一月一十日

Oliver Korb, Paul W. Finn & Gareth Jones, “The cloud and other new computational methods to improve molecular modelling”, 在药物发现专家意见 2014, 9,1121年至1131年。 DOI:10.1517 / 17460441.2014.941800。

工业,以及学术,药物发现工作通常是由计算机建模技术支持。许多技术,如虚拟高通量对接,构象数据库和分子动力学模拟的基于药效筛选,是计算非常苛刻。取决于最适用的方法的并行化的策略,基于中央处理单元(云和网格计算)或图形处理单元(GPU)最近的技术,可以采用显着地加速其执行时间。这允许分子建模来看待更大的数据集,或使用更精确的方法。

文章介绍了电网,云计算和GPU计算的最新发展。作者提供的关于上述硬件平台上运行的分子建模应用的概述,并突出显示相应的体系结构中的注意事项,无论从理论和实际的角度来看。

所描述的体系结构可以显着提高分子建模过程中,如果被选择用于相应的应用程序的适当的技术。尽管有这些改进,每个单独的计算平台的具体问题,这将需要在未来加以解决困扰。此外,当前的努力集中在提高现有算法的性能,而不是新的方法,明确利用这些新技术的发展。

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教授保罗·菲恩 在克洛尔教授实验室研究员,应用电子计算学系。他也是inhibox的CEO,来自牛津大学的化学系衍生公司专注于计算机辅助药物设计,并运行药物设计顾问亲和力的药物设计。