本周出版:教授保罗·菲恩

2014年10月6日

G. Lauro, N. Ferruz, S. Fulle , M.J. Harvey, P.W. Finn & G. De Fabritiis, “Reranking docking poses using molecular simulations and approximate free energy methods”, 化学信息与建模杂志 54.8(2014),2185年至2189年。 DOI:10.1021 / ci500309a。

计算机建模技术已经成为公认的作为在新药设计中使用的标准方法之一, 在硅片 针对蛋白质的药物靶点大化合物数据库虚拟筛选现在常在药物发现过程的早期阶段使用。

虽然有成功应用的例子很多,获得计算成本与结果的质量之间的有效折衷仍然在普遍适用的虚拟筛选方法的发展提出了挑战。的当前方法的限制包括的系统的灵活性有限建模,并且其中所述相互作用发生的水性介质的简化处理。

在这项研究中,我们比较了在理论上更严格的,但在计算上更昂贵的,直链的相互作用能(IIc)的方法的有效性,针对标准对接的方法。虽然谎言方法的能力已经在过去被广泛的测试,探测其是否适合作为一种高通量虚拟筛选工具还是比较新的,因为所需要的计算能力仅在最近才广泛使用。

使用一组1549个的化合物,我们总共12250个模拟进行。谎言方法证明是有效的,但没有产生结果比用对接码获得的那些显著更好。以促进这一领域的进一步研究,模拟整个数据库被公布于众。

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教授保罗·菲恩 在克洛尔教授实验室研究员,应用电子计算学系。他也是inhibox的CEO,来自牛津大学的化学系衍生公司专注于计算机辅助药物设计,并运行药物设计顾问亲和力的药物设计。